仕様/技術情報
実験コントロール:SARS-CoV-2 RNA(変異株対応)、呼吸器系ウイルス合成コントロール。 解析ソフト:2種類(One Codex、Biotia)。カバレッジ、変異検出、クレード表示など。
キャプチャベースのSARS-CoV-2 ResearchパネルとComprehensive Viral Researchパネルを使っています。アンプリコンベースでは変異体に対応させたプライマーの改良が必要ですが、キャプチャベースでは変異があってもウイルスゲノム全体の濃縮が可能なため、変異解析を主とする疫学調査に適しています。ウイルス性病原体が何か分からない場合は、Comprehensive Viral Researchパネルを使っています。スパイクイン方式で新たなウイルスを追加することも非常に容易であることが分かりました。いまのところ、何千種類もの広範なウイルスを効率よく同定する手段は他にありません。
遺伝情報実験センター ゲノム解析室 講師 元岡大祐
仕様/技術情報
概要・製品シート
SARS-CoV-2 Researchパネル(感度が大きく向上しました、ソフトウェアもあります)
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New!感染症ウイルス検出の新時代 A New Era of Detection of Viruses Causing Infectious Diseases 大阪大学微生物研究所 感染症メタゲノム研究分野で取り組まれている、Comprehensive Viral Panelを用いたキャプチャベースのNGSアプローチなどについてご紹介します。
ターゲットシーケンスによる変異検出の向上 Improved mutation detection with targeted sequencing:キャプチャベースのNGSアプローチがアンプリコンベースよりもカバレッジの均一性がどのように優れているかなど、SARS-CoV-2ゲノムの様々なNGSによるアプローチの比較結果も示されました。
トピックス:Science Does Not Stop
論文紹介:Comprehensive Viral パネル (2024、アジアパシフィック)
| サンプル | トピックス | 雑誌名 |
| Bronchoalveolar lavage fluid | COVID-19による急性呼吸窮迫症候群患者でECMO治療を受けた患者肺内に独特な微生物叢が形成 | Research Square |
| Nasopharyngeal swab or nasal discharge | SARS-CoV-2またはA型インフルエンザと診断された患者に対するターゲットキャプチャーシーケンスの有用性の評価 | bioRxiv |
| Bacteria, fungi, parasites and viruses | ハイブリキャプチャ方式によるヒト病原体(細菌、真菌、寄生虫、ウイルス)のターゲット濃縮の概説 | Pathogens |
| Urine | 黄熱ワクチン接種後間もない旅行者が黄熱に感染、黄熱ワクチン関連臓器障害と一致する症状を呈した症例 | Lancet Microbe |
| RNA | HIV感染症の進行患者が悪化した脳炎の症状で受診、活動性のデングウイルス脳炎を確認 | Clinical Infectious Diseases |